在1568-1648年間,荷蘭正與西班牙進行「八十年獨立戰爭」,希望自西班牙帝國的領土獨立。而在1642年的臺灣北部,將荷蘭與西班牙之間的緊張情勢具體呈現——
西班牙人在北臺灣十餘年的經營,始終不甚順利。1620年代末期,美洲白銀逐漸減產,輸入馬尼拉與雞籠的白銀也隨之變少。在無利可圖的情況下,華商不再願意冒著風險到北臺灣與西班牙人交易。傳教工作方面,雖然曾擴張至噶瑪蘭地區,原住民接受改宗的程度與條件,也並未達到西班牙人的期望,前後甚至犧牲了至少三位神父。隨著日本幕府政策改變,西班牙人漸漸轉移其勢力重點到菲律賓群島南方,在臺灣的西班牙據點苦無援軍,幾乎只能龜縮在城堡之中。
1642年8月,對臺灣北部虎視眈眈的荷蘭人登陸了和平島,荷、西雙方經歷五天的軍事衝突後,西班牙人離開了基隆、淡水。而荷蘭人終於將其治理之手向北部與東部延伸,全臺沿海可及之處,幾乎都有公司代表前往原住民村社進行交涉的身影。
同時期來到臺灣的兩群歐洲人,最終卻有了截然不同的發展。對臺灣而言,荷蘭人趕走了西班牙人是政權的迭代;對荷蘭人而言,則是在漫漫獨立戰爭中,所贏得的一場重要戰役。
回溯荷蘭人抵臺灣之初也曾遭遇層層挑戰。1629年6月,一支搜捕漢人海盜的荷蘭軍隊深入麻豆社,竟在回程渡溪時遭村社聯手蒙騙,63名精銳士兵被殲滅在湍急的灣裏溪中,是為「麻豆社事件」,重挫了荷蘭人在臺灣的威信。
1627年的濱田彌兵衛事件與1629年的麻豆社事件,導致日荷貿易一度凍結,危及公司經營臺灣的出發點。然而,靠著公司在香料群島的獲利支撐,在臺灣的荷蘭人總算迎來轉機。

由日本人所繪製,描繪日本船長濱田彌兵衛挾持荷蘭東印度公司臺灣長官努易茲的情景。
1630年代,日本幕府為了杜絕天主教在日本傳播,下令禁止西班牙人、葡萄牙人往來日本,甚至禁止日本人出航。信奉新教的荷蘭人因此得利,成為唯一能夠前往日本貿易的歐洲勢力,臺灣作為中繼轉運站的地位,也變得更加重要。
1630年起,荷蘭聯合東印度公司向臺灣據點投入大量資源,築起氣勢非凡的海上城堡「熱蘭遮城」(Zeelandia),有鑒於麻豆社事件為荷蘭所帶來的重創,足以鎮壓原住民、重申公司威信的兵力,也陸續抵達。
1635年底,將近500人的荷蘭大軍報復性地攻打麻豆社,又逢天花在村社間肆虐,麻豆社的戰士染疫過半,幾乎無力阻止,社人只能四處逃竄,17世紀南臺灣的第一大社,在荷蘭人的槍火下宣告臣服。
有了武力加持,荷蘭人進而出兵消滅高屏外海小琉球島上的原住民,將小琉球島化為大員港的後備外港,更數度率領西拉雅村社組成聯軍,北上攻打中臺灣的虎尾壠社群(又稱華武壠社,Favorlang)。一方面擴張草地獵場,來滿足蓬勃發展的鹿皮貿易,一方面透過征伐行動,讓歸順的勇士們得到獵首的機會。
跟著荷蘭軍隊屢戰屢勝,促使原住民有了接受基督教的現實動機。
如1637年10月,荷蘭人率領村社聯軍擊敗虎尾壠人後,原先最為抗拒荷蘭人的麻豆人與蕭壠人,竟主動向牧師表示願意毀棄偶像,皈依基督。或許在他們心目中,敬拜「戰神基督」比舊神更能帶來勝利的保證。
年輕戰士改宗的同時,舊社會的信仰亦面臨打壓。
1641年底,200多名西拉雅女巫、尪姨被流放到諸羅山社,受洗過的小社童則被留在教會生活,學習外文與基督教儀式,西拉雅人的傳統秩序與文化,在此過程中大受衝擊,卻也因此留下「西拉雅語聖經(馬太福音)」等珍貴原住民文獻。
1648年,在一年一度盛大召開的「地方會議」中,一百多位來自臺灣各地的村社長老,齊聚位於赤崁的公司大庭園,聆聽荷蘭臺灣長官宣布政策.並授予象徵長老權力的藤仗,顯示荷蘭人與臺灣原住民村社的治理關係,已臻至成熟。
第一個治理範圍跨及全臺南北各區域的政權,儼然成形。
除了歐洲人、日本人與「唐人」(當時慣稱在海外活動的華人為唐人)之外,航海時代尚有許多不同民族出身的人們,在臺灣留下了他們的生命足跡。
例如,臺灣民間傳說有許多烏鬼井、烏鬼埔等地名,所謂「烏鬼」並不是指如今俗稱為黑人的非洲人種,而是指膚色較深的東南亞人。如西班牙人帶到雞籠的菲律賓卡加延人、邦板牙人;荷蘭人帶到大員的班達島人、爪哇人、廣南人、孟加拉人等。他們多以奴隸身分來到臺灣,充當傭兵與工人。
「烏鬼」人數雖少,卻穿梭於不少 17 世紀臺灣歷史的重要場景。
荷蘭人曾有數以百計的東南亞奴隸,來到臺灣參與熱蘭遮城的興建過程,也經歷被鄭氏大軍圍攻時的槍林彈雨。其中一支「烏鬼傭兵槍隊」,在荷蘭人投降後為鄭氏集團接收,在鄭經時代將其擴充為護衛鎮。
臺灣沿海原住民的血脈,亦在歷史洪流中向世界擴散。1636年,小琉球島遭荷蘭人強制淨空後,島上倖存居民被發配為奴,包含上百名幼童由西拉雅人或荷蘭家庭收養,有些男童日後成為荷蘭聯合東印度公司的船員或士兵,女童則嫁給駐臺的荷蘭人。

為了壟斷班達群島的肉豆蔻生產,荷蘭聯合東印度公司曾在1621年攻擊、屠殺當地原住民,並將倖存者遷徙、收編為奴隸。而被屠殺的小琉球原住民,也正是在相似的脈絡下,面臨了遷徙滅族的命運。
荷蘭人與臺灣人通婚的知名案例,當屬任內風波不斷的荷蘭臺灣長官努易茲。
他曾與一名新港社女子Poeloehee相好,將沒收自頭目理加的日本銀冠,作為定情禮物轉送給她,還依循西拉雅走婚習俗,入夜留宿其居處,天亮時才離去。
根據荷蘭聯合東印度公司婚姻登記簿的統計,前後曾有6、70名臺灣人與荷蘭人通婚,但依照公司規定,無論是西拉雅或小琉球族裔,與荷蘭人通婚者及其混血後代,最後都必須隨公司撤離臺灣,往巴達維亞或阿姆斯特丹展開異鄉生活。